功能失调性子宫出血是神经内分泌调节系统失常所致。在正常情况下，整个月经周期中，下丘脑一垂体一卵巢相互影响、相互制约，维持动态平衡，此为月经周期的神经内分泌调节系统，称为性轴。但是此轴的活动又受大脑皮层的控制，
所以从大脑皮层到卵巢，任何一个环节发生障碍，均可破坏此平衡，导致卵巢功能紊乱，影响子宫内膜，引起功能性子宫出血。机体内外的许多因素，如精神过度紧张、恐惧，环境和气候的骤变，心情忧郁及其他全身性疾病，都可通过大脑皮层和中枢神经系统影响下丘脑一垂体一卵巢轴的相互调节。营养不良、饥饿、贫血及代谢紊乱也可影响激素的合成、运转及作用而导致月经失调。
